王冠市是个水与绿茵、古街道与近代建筑完美调合的城市。为了观看正在这里举办的“神奇宝贝足篮世界杯”，小智一行人向王冠市前进。在途中，他们遇到了一只能够化身其他神奇宝贝或人类、名为“索罗亚”的不可思议的神奇宝贝。索罗亚还会心电感应，为了帮助同伴，它告诉小智它也要前往王冠市。小智们决定要栛助索罗亚，一起结伴同行。另一方面，幻之宝可梦雪拉比在相隔20年再度现身王冠市的同时，王冠市却发生了一起奇妙的事件。原本应该是这座城市的守护神－传说的宝可梦雷公、炎帝、水君竟在街道上大搞破坏。原来这个事件的背后，隠藏著大企业的社长克林克斯·寇泰的邪恶计划。从前，曾经利用雪拉比的神秘力量获得财富与权力的寇泰，为了再度取得这个力量，他故意制造王冠市...